Em 1971, foi fundada em Lisboa a Associação Portuguesa para Protecção às Crianças Autistas (APPCA), por um grupo de pais liderado pelo associado n.º 1, Dr. José Carlos de Almeida Gonçalves, que não encontrava respostas educativas para os seus filhos com autismo. Tinha âmbito nacional, dando apoio a todas as pessoas que a contactavam e encaminhando-as para os escassos serviços existentes.
O maior objectivo da APPCA foi o de fundar uma escola onde se atendessem as necessidades específicas das crianças com perturbações do espectro do autismo. Depois de visitarem em Londres a National Society for Autistic Children (NSAC), os fundadores decidiram seguir o seu modelo educativo. Uma equipa de investigadores e profissionais da NSAC, hoje National Society for Autism (NSA) deslocou-se a Portugal para ajudar a formar os técnicos portugueses, tendo igualmente aberto as suas portas e saber aos pais e técnicos da APPCA. A escola assim fundada para menos de 10 crianças e designada por Centro Terapêutico funcionou no rés-do-chão de prédios de habitação, primeiro na Rua Azedo Gneco em Campo de Ourique, depois na Rua da Junqueira, já com mais utentes.
Em 1984, a APPCA, por desejo e empenhamento de pais de crianças com autismo do norte de Portugal, constituiu uma Delegação Regional em Vila Nova de Gaia.
Na sequência deste processo e tendo em conta que a APPCA passou a apoiar não só crianças mas também adolescentes e adultos, foi adotada a denominação de Associação Portuguesa para Protecção aos Deficientes Autistas (APPDA) e a estrutura passou a ser descentralizada: uma associação nacional com delegações regionais em Lisboa e no Norte.
Em 1990 foi criada outra delegação regional em Coimbra, com duas sub-delegações, uma em Viseu e outra em Leiria.
A delegação de Lisboa havia entretanto mudado as suas instalações para edifício prefabricado que foi implantado em terreno na zona do Restelo, cedido pela Câmara Municipal de Lisboa, onde passou a apoiar mais utentes no então designado Centro de Apoio Sócio Educacional(CASE. Expandiu a gama dos serviços prestados, juntando aos apoios prestados em consultas, intervenções, formação e informação, o apoio residencial. Assim, foi fundado, em 1993, o primeiro centro residencial, no bairro do Zambujal em S.Domingos de Rana. A partir de 1993 a delegação de Lisboa iniciou o processo de transferência das suas instalações para construções de raiz implantadas noutro terreno mais vasto sito no Alto da Ajuda, igualmente cedido em direito de superfície pela Câmara Municipal de Lisboa. Aí funcionam atualmente todos os serviços da APPDA-Lisboa (com exceção do Lar do Zambujal e do Centro de Recursos para a Inclusão), designadamente Estabelecimento de de Ensino Especial, Centro de Atividades Ocupacionais, Unidade Prestadora de Cuidados de Saúde e Lar Residencial.
Em 2002, a APPDA cindiu-se em tantas associações autónomas quantas as delegações regionais existentes, sob a denominação comum de Associação Portuguesa para as Perturbações do Desenvolvimento e Autismo e as siglas identificadoras APPDA- Coimbra, APPDA-Lisboa e APPDA-Norte. Estas associações, em conjunto com a recém-formada APPDA-Viseu, proveniente da autonomização da subdelegação com igual âmbito geográfico, constituíram a Federação Portuguesa de Autismo (FPDA), que tem a sua sede em Lisboa, nas instalações da APPDA-Lisboa.